Sezon 2006 Na początku sezonu 2006 Ivanović wystartowała w turnieju w Sydney, gdzie w drugiej rundzie pokonała Amélie Mauresmo (6:3, 7:5), ale w kolejnym meczu przegrała 6:7(3), 3:6 ze Swietłaną Kuzniecową. Na Australian Open 2006 została rozstawiona z numerem dwudziestym pierwszym. Po zwycięstwie w pierwszej rundzie z Shenay Perry, w drugiej wyeliminowała ją Samantha Stosur, wynikiem 3:6, 5:7. Następnie odpadła w drugich rundach zawodów w Tokio i w Antwerpii.
Serbka, jako tenisistka rozstawiona z numerem ósmym, osiągnęła ćwierćfinał turnieju w Indian Wells, eliminując w pierwszych trzech meczach kolejno: Séverine Beltrame, Shenay Perry i Annę Czakwetadze. W meczu o półfinał została pokonana 6:2, 4:6, 2:6 przez rozstawioną z numerem czwartym Jelenę Diemientjewą. W Miami, po zwycięstwach nad Ivetą Benešovą i Aloną Bondarenko, przegrała w czwartej rundzie z Amélie Mauresmo. W kwietniu wystartowała w zawodach w Warszawie, gdzie w pierwszej rundzie wygrała 6:4, 7:5 z Martą Domachowską, a w następnej 6:3, 6:2 z rozstawioną z numerem drugim Patty Schnyder. Odpadła w ćwierćfinale, po porażce w trzysetowym meczu z Anną Czakwetadze. Została rozstawiona z numerem dziewiętnastym podczas wielkoszlemowego French Open 2006.