Fabuła Akcja gry rozpoczyna się w bliżej nieokreślonej przyszłości na jednym z księżyców Marsa, Fobosie, gdzie znajduje się baza Union Aerospace Corporation, z której nadany został sygnał SOS. Gracz wciela się w komandosa, który wraz z drużyną Marines przybywa w to miejsce celem zidentyfikowania i zneutralizowania nieznanego zagrożenia. Nasz bohater zostaje na warcie na zewnątrz bazy, podczas gdy reszta komandosów wkracza do wnętrza kompleksu. Wkrótce wszyscy Marines z wyjątkiem postaci gracza giną w walce. Gracz jako jedyny ocalały rusza do wnętrza bazy, gdzie odkrywa, że cała placówka opanowana jest przez demony oraz zombie, będące częścią piekielnej inwazji. W efekcie zadaniem stojącym przed bohaterem jest przedarcie się w głąb kompleksu oraz odnalezienie i zniszczenie źródła całego zagrożenia. Miejscem akcji początkowo jest baza na Fobosie, następnie opuszczona stacja badawcza na drugim księżycu Marsa, Deimosie, w finale zaś przenosi się ona do piekła.

Rozgrywka DoomRL jest nastawioną na akcję grą z gatunku roguelike, prezentowaną w widoku z góry w trybie tekstowym za pomocą symboli ASCII lub w postaci grafiki kafelkowej, w zależności od wyboru gracza.