W grudniu 2000 roku Państwowa Komisja Międzyresortowa zmieniła plan prac na stacji Mir i załogę wycofano z przygotowań. 11 stycznia 2001 – Winogradow i Szaripow zostali wyznaczeni przez tę samą komisję do załogi dublerów do lotu na stację Mir na wypadek wystąpienia sytuacji awaryjnej (załoga ratunkowa). listopad 2002 – powrócił do przygotowań do lotu na ISS w charakterze dowódcy dublerów piątej załogi odwiedzającej (ЭП5). Później miał być dowódcą szóstej takiej załogi (ЭП6). W styczniu 2003 został przez lekarzy czasowo odsunięty od przygotowań i skierowany na badania do Instytutu Problemów Medyczno-Biologicznych. Dlatego też w obu załogach zastąpił go inny kosmonauta. thumb|upright=1.2|P. Winogradow w kombinezonie EMU podczas przygotowań do lotu Sojuza TMA-8. 6 lutego 2003 – został mianowany dowódcą oddziału kosmonautów Rosyjskiej Korporacji Kosmicznej „Energia” (РКК „Энергия”). Zachował przy tym stanowisko instruktora-kosmonauty-badacza. 8 stycznia 2004 – międzynarodowa komisja ds. wyboru załóg dla Międzynarodowej Stacji Kosmicznej włączyła Pawła Winogradowa do składu 13 podstawowej załogi stacji (ISS-13). Zastąpił w niej Jurija Onufrijenkę. W składzie załogi szkolili się wówczas także amerykański astronauta Daniel Tani oraz Dmitrij Kondratjew.