Sytuacja zmieniła się nieco w czasach Reformacji. W 1536 roku Hjørring stał się siedzibą biskupów protestanckich, z czym wiązał się zakaz handlu z bogatymi kościołami katolickimi. Biskupi jednak przynieśli miastu nie tylko zakazy – w roku 1549 b. Oluf Chrysostomus założył w mieście pierwszą szkołę łacińską.

W 1584 z okazji koronacji Chrystiana IV kupieckie przywileje Hjørring zostały po raz kolejny potwierdzone i rozszerzone. Umożliwiło to handel z Aalborgiem i okolicami. Miasto kwitło.

od XVI wieku 250px|mały|prawo|Kościół św. Katarzyny Dobre czasy jednak wkrótce się skończyły. Szereg następujących po sobie wydarzeń i zwrotów historii zamienił Hjørring w miasto biedne i nieciekawe. Dziesiątkująca ludność plaga, wojna trzydziestoletnia, wojna cesarska (Kejserkrigen, 1625), wojna Torstensona (1643-45) i wojny ze szwedzkim królem Karolem Gustawem (1657-59) doprowadziły do upadku całej północnej części Danii. Hjørring był wielokrotnie okupowany i plądrowany przez nieprzyjacielskie wojska. Oprócz tego miasto kilkakrotnie niszczyły wielkie pożary (Hjørring dwa razy niemal doszczętnie spłonął). Ówczesny rząd starał się pomóc miastu i zwolnił wszystkich jego mieszkańców z obowiązku płacenia podatków (dość wówczas, z powodu wojen, wysokich).