Wydano za nim list gończy, a 6 marca 1846 aresztowano go na drodze z Sianowa do Staniszewa.
Ceynowa siedział najpierw w więzieniach w Starogardzie i Grudziądzu, a od listopada 1846 – w berlińskim Moabicie. Po kilku miesiącach śledztwa, na które Ceynowa narzekał i złożył skargę, 2 sierpnia 1847 rozpoczął się proces niedoszłych powstańców, w którym zaliczono go do głównych przywódców insurekcji i 17 listopada 1847, wraz z 7 innymi osobami, skazano na karę śmierci przez ścięcie toporem. 6 marca 1848 w drodze łaski król pruski karę tę zamienił na dożywotnie pozbawienie wolności, a w wyniku rewolucji marcowej 20 marca 1848 więźniów objęła amnestia. Najprawdopodobniej jeszcze tego samego dnia tłum ich uwolnił.
Studia etnograficzne i pierwsze wydawnictwa kaszubskie W lutym 1848 Ceynowa – jeszcze jako więzień – nawiązał korespondencję z Towarzystwem Historii i Starożytności Pomorskich (Gesellschaft für Pommersche Geschichte und Alterthumskunde) w Szczecinie. Przesyłał mu m.in. informacje o Kaszubach i ich języku oraz pierwszy kaszubski utwór literacki – dialog pt. Krotochwilno rozmòwa Pòlocha z Kaszebą. Otrzymał tytuł członka korespondenta tej instytucji.