W konkursie indywidualnym na dużym obiekcie Fin po pierwszej serii zajmował trzecie miejsce po skoku na 129,5 m. Prowadził Widhölzl, drugi był Takanobu Okabe, a Funaki zajmował czwartą lokatę tracąc do Soininena tylko 0,8 punktu. Druga seria skoków wszystko zmieniła. Jani uzyskał 126,5 m i został wyprzedzony przez Funakiego, który osiągnął 132,5 m. Najdłuższy skok – 136,0 m oddał Harada i awansował na trzecie miejsce, spychając Widhölzla, który uzyskał tylko 120,5 m poza podium. Tym samym Soininen wywalczył swój drugi, tym razem srebrny medal olimpijski. Jego medale były jedynymi zdobytymi przez Finlandię w skokach na tych igrzyskach, bowiem w konkursie drużynowym reprezentacja Finlandii zajęła piąte miejsce.
Sezon 1998/1999 był jednym z najsłabszych w jego karierze. Ani razu nie stanął na podium, tylko raz znalazł się w czołowej dziesiątce zawodów, w wyniku czego zajął dopiero 35. miejsce w klasyfikacji generalnej. Na mistrzostwach świata w Ramsau w lutym 1999 roku indywidualnie zajął miejsca na przełomie trzeciej i czwartej dziesiątki. W konkursie drużynowym Finowie ponownie nie zdobyli medalu zajmując ostatecznie czwarte miejsce. Soininen poprawił się w sezonie 1999/2000, kiedy ponownie był siódmy w klasyfikacji generalnej.