Posiadają on miąższość od 2 m (torfy) do 40 m (wydmy).
W wielu rejonach miasta, zwłaszcza w północnej jego części występuje płytkie występowanie ekspansywnych iłów trzeciorzędowych, pokrytych cienką warstwą piasków pochodzenia lodowcowego (Czyżkówko, Okole, Śródmieście, Bartodzieje, Brdyujście), co jest skutkiem erozji dawnych rzek, wcinających się głęboko w podłoże. Iły te należą do tzw. serii poznańskiej i są barwy szarozielonej i niebieskawej. Lokalnie występują na powierzchni (terasy Brdy, strefy krawędziowe teras pradolinnych). Grunty te z uwagi na ekspansywność (zmiana objętości pod wpływem wilgoci) są trudnym podłożem budowlanym.
W niektórych rejonach miasta występują grunty słabonośne powiązane z płytkim poziomem wód gruntowych. Obszary te spotykane są w dolinach rzecznych (Brdy, Wisły, Kanału Bydgoskiego), w lokalnych zagłębieniach i dolinkach prowadzących wody niewielkich cieków powierzchniowych oraz w pradolinie Noteci-Warty. Tereny te są wykorzystywane z reguły jako użytki rolne.