Na niektórych obszarach działalność wód roztopowych spowodowała usunięcie iłów plioceńskich (poznańskich), a niekiedy nawet osadów mioceńskich.
Czwartorzęd (od 2,5 mln lat temu do dziś) w rejonie Bydgoszczy występuje w postaci osadów wodno-lodowcowych: glin zwałowych i piasków ze żwirami, pochodzących ze starszych faz zlodowacenia bałtyckiego: faz leszczyńskiej i poznańskiej. Miąższość tych osadów waha się od ok. 100 m (w rejonie dolin kopalnych) do kilku metrów w osadach teras Brdy. Gliny zwałowe tworzą ciągłe, wydłużone struktury, rozcinające osady czwartorzędowe. W obrębie górnego tarasu Bydgoszczy występują dwie warstwy glin zwałowych, a ich wychodne na Skarpie Południowej podkreślone są wpływami wód podziemnych. Podobną budowę geologiczną mają wysoczyzny na północy miasta z tą różnicą, że ilość warstw glin lokalnie wzrasta do trzech. Mniejszą miąższość posiadają najmłodsze osady holoceńskie (od 11,5 tys. lat do dziś), będące efektem działalności rzecznej, eolicznej i procesów zarastania zbiorników wodnych. Są to piaski rzeczne, mady, torfy, wydmy oraz utwory denudacyjne.