W 1943 Niemcy aresztowali go w „kotle” i uwięzili na Pawiaku. Potem został wywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz. Otrzymał numer obozowy 119198. Kontynuował tam twórczość literacką, pisząc m.in. wiersze, piosenki i kolędy, a także listy do narzeczonej Marii, która również znajdowała się w oświęcimskim obozie. Według relacji Marii po przeszkoleniu został sanitariuszem (tzw. flegerem) i trafił pod opiekę Alfreda Fiderkiewicza, lekarza i działacza Polskiej Partii Robotniczej. Otrzymał paczki żywnościowe od Trzebińskiego. Obozowa rzeczywistość została opisana w opowiadaniu U nas, w Auschwitzu…, którego podstawą były wspomniane już listy do Marii Rundo. W sierpniu 1944 przewieziono go wraz z innymi więźniami do obozu w Dautmergen, filii obozu koncentracyjnego Natzweiler-Struthof, a potem do Dachau, w którego filii 30 kwietnia 1945 został wyzwolony przez oddziały . Następnie został przeniesiony do obozu dla dipisów w Monachium, w którym pozostawał do września 1945.