Kozacy, którzy nie zaciągnęli się do rejestru, byli traktowani dużo gorzej – często magnaci próbowali ich zepchnąć w szeregi chłopstwa pańszczyźnianego. Właściwe rządy sprawowały rody magnackie (gł. Wiśniowieccy, Zasławscy, Ostrogscy), złożone ze spolonizowanej szlachty ruskiej i zarządzające ogromnymi latyfundiami. Ich polonizacja motywowana była często ambicjami politycznymi i nieodłącznie związana z porzuceniem prawosławia.
W XVII wieku kolonizacja Ukrainy przyciągała dużą liczbę osadników. Mogli oni liczyć na lepsze warunki niż w innych częściach Rzeczypospolitej; inwentarze dóbr szlacheckich z XVI wieku nie wymieniają na przykład wśród powinności chłopów pańszczyzny, innych powinności wobec szlachty nie było wiele, co miało służyć zmotywowaniu osadników do przybywania na te tereny. Z czasem, gdy osadników przybywało, właściciele ziemscy zwiększali wymiary powinności, budziło to opór chłopów i motywowało do ucieczki na Zaporoże i wstąpienia do oddziałów kozackich. Majątki największych rodów magnackich rozrastały się dynamicznie, w okresie od 1630 do 1645 roku majątek rodu Wiśniowieckich wzrósł z 616 do 38 tys. gospodarstw chłopskich, w których pracowało 230 tys. poddanych. Hetman Koniecpolski, stojący na czele ekspedycji przeciwko kozakom, posiadał ponad 18 tys. gospodarstw.