Zgodnie z tym stanowiskiem nauczanie spornych doktryn religijnych jako wiedzy, czyli utrwalanie przekonania o prawdziwości twierdzeń, dla których brak powszechnie akceptowalnych dowodów, stanowi indoktrynację.
W nowszej dyskusji zarzut ten odnoszono do szkół wyznaniowych, które uczą „dla wiary” w twierdzenia religijne nieuznawane za znane jako prawdziwe. Od nauczania „dla wiary” odróżnia się nauczanie o religii, opisujące różne tradycje bez dążenia do religijnego zaangażowania, którego zarzut indoktrynacji zwykle nie obejmuje.
Kwalifikacja wychowania religijnego jako indoktrynacji jest sporna. Wskazywano, że rozstrzyga o niej nie rodzaj przekonań, lecz sposób ich przyjmowania, a przekonania religijne mogą być żywione „dowodowo”, w odniesieniu do racji i świadectw, co nie czyni ich nauczania indoktrynacją. Podnoszono również, że założenie o bezkrytycznym przyjmowaniu przez uczniów autorytetu nauczyciela nie znajduje potwierdzenia empirycznego, a wychowanie religijne nie musi sprowadzać się do indoktrynacji i może pozostawać w zgodzie z edukacją liberalną.