Kardynał di San Paolo został protektorem pokutników i polecił im przyjęcie tonsury na znak przynależności do stanu zakonnego. Następnie bracia odwiedzili grób Piotra Apostoła i wyruszyli w podróż powrotną. Gdy zbliżali się do Asyżu, Franciszek postanowił, że osiedlą się w Rivotorto, nieopodal leprozorium św. Łazarza ().
Porcjunkula Bracia zamieszkali w Rivotorto, ale gdy wspólnota zaczęła się powiększać, brakowało tam miejsca, a ponadto nie było w pobliżu kościoła (gdzie chcieli odmawiać liturgię godzin). Wobec tego Franciszek udał się do biskupa z prośbą o przydzielenie im nowego miejsca, jednak Gwidon odmówił, twierdząc, że nie dysponuje żadnym. Tę samą odpowiedź Biedaczyna usłyszał w kapitule katedralnej San Rufino. Wówczas udał się do mnichów benedyktyńskich na Monte Subasio, gdzie opat przydzielił pokutnikom zniszczoną kaplicę Santa Maria degli Angeli, w Porcjunkuli, niedaleko leprozorium San Salvatore delle Pareti. Aby uniknąć przejęcia własności kościoła na podstawie prawa o trzydziestoletnim zasiedzeniu, opat umówił się z Franciszkiem na symboliczną opłatę w wysokości jednego kosza ryb rocznie. Benedyktyni ofiarowali w zamian dar jednego dzbana oliwy.