Jego drugą żoną była Jadwiga Salkowska, która wydała jego wspomnienia.

Syn Józefa Becka i jego pierwszej żony, Marii Słomińskiej, Andrzej, mieszkał w Stanach Zjednoczonych i sprawował funkcję prezesa Instytutu Józefa Piłsudskiego w Ameryce.

Rodzina Józefa Becka miała wywodzić się (według rodzinnej tradycji) od Bartholomeusa Becka, flandryjskiego marynarza, który pod koniec XVI wieku znalazł się w służbie polskiej (m.in. z rozkazu króla Stefana Batorego miał dowodzić desantem na Elbląg, opanowany przez gdańskich kupców).

Podczas II wojny światowej Niemcy podejrzewali, że Józef Beck ma żydowskie korzenie. Uzyskali informacje, że jego rzekomi żydowscy krewni mieszkają w Białej Podlaskiej. Gubernator Hans Frank polecił nawet bibliotece w tym mieście wydać wszelkie niezbędne dokumenty dotyczące domniemanej rodziny Becka. Ostatecznie niemieckie podejrzenia okazały się nieuzasadnione.