To doprowadziło do jego detronizacji przez Riksdag w 1599.
Jednocześnie sejm sztokholmski uznał wprawdzie syna Zygmunta III, królewicza Władysława IV Wazę, za następcę tronu, postawiono jednak warunek, że królewicz ma przybyć do Szwecji, gdzie zostanie wychowany w dominującej w Szwecji religii luterańskiejPaweł Jasienica, Rzeczpospolita Obojga Narodów. Srebrny wiek. PIW Warszawa 1982, s. 242..
Polityka wyznaniowa thumb|Projekt srebrnego relikwiarza trumiennego świętego Stanisława do katedry na Wawelu, ok. 1630 r., przykład wyśmienitego mecenatu artystycznego Zygmunta III
Zygmunt III popierał reformy wprowadzone przez sobór trydencki i sprzyjał kontrreformacji. Będąc pod wpływem jezuitów Bernarda Gołyńskiego, Andrzeja Boboli i Piotra Skargi oraz prymasa Stanisława Karnkowskiego wspierał ograniczanie tolerancji wobec innowierców. Dążył też do ściślejszej współpracy z papiestwem i katolickimi Habsburgami, dlatego w 1592 zawarł związek małżeński z arcyksiężniczką Anną z Habsburgów.
W 1589 Moskwa stała się siedzibą patriarchatu, który zamierzał rozciągnąć swoją zwierzchność na biskupów prawosławnych Rzeczypospolitej. Zaporę dla tych aspiracji miała stanowić unia kościelna polskich prawosławnych z katolikami.