Flora Pomimo znacznych przeobrażeń dokonanych działalnością człowieka przez ostatnie 150 lat przed utworzeniem parku narodowego (wyniszczono zupełnie 36 gatunków roślin), przyroda zachowała dużą różnorodność. Na bogactwo flory składa się ok. 950 gatunków roślin naczyniowych, ponad 230 gatunków mchów i wątrobowców, 1200 odmian grzybów i ok. 200 rodzajów porostów. 84 gatunki roślin są prawnie chronione, m.in.: róża alpejska, brzoza ojcowska, kruszczyk błotny i rdzawoczerwony, gnidosz rozesłany, goryczuszka orzęsiona, kosatka kielichowa, listera jajowata, rokitnik zwyczajny, skrzyp olbrzymi, zerwa kulista. Przedstawicielami flory stepowej są wiśnia karłowata, aster gawędka, ostnica Jana. Florę górską reprezentuje jodła, grab, tojad smukły, tojad mołdawski, chaber miękkowłosy, żywiec gruczołowaty. Przetrwały gatunki reliktowe z holocenu: ułudka leśna i obrazki plamiste.