W Jaskini Maszyckiej znaleziono zdobione narzędzia ludzi kultury magdaleńskiej sprzed 13–12 tys. lat p.n.e., oraz dowody świadczące o praktykowanym wówczas kanibalizmie. Nieliczne ślady pobytu ludzi starszej epoki kamienia (8–5,5 tys. lat p.n.e.), tzw. mikrolity, znaleziono w okolicach Smardzowic. Bardzo dużo natomiast znaleziono materiałów archeologicznych z młodszej epoki kamienia (5,5–2,2 tys. lat p.n.e.). Tereny OPN i okolic zamieszkiwane wówczas były licznie przez ludzi należących do kilku kultur: ceramiki wstęgowej rytej, lendzielskiej, pucharów lejkowatych, badeńskiej. Znaleziono liczne kopalnie krzemienia, narzędzia krzemienne, połupane kości zwierząt, ozdoby, fragmenty ceramiki. W jaskiniach ojcowskich czasowo chronili się wówczas ludzie przybywający z okolicznych osad po krzemienie, oraz myśliwi. Tereny OPN zamieszkiwane były także w epoce brązu i epoce żelaza, ale nielicznie, z powodu niesprzyjających rolnictwu warunków naturalnych.