W latach 60. XVIII w. w Sztutowie baptyści wznieśli swój kościół, którego budynek istnieje do dziś, nieliczni katolicy korzystali z kościoła w pobliskim Cyganku.
Miejscowość uzyskała połączenie drogą bitą w 1881 r., miała też połączenie wąskotorowe z Nowym Dworem Gdańskim.
Po II pokoju toruńskim w 1466 r. miejscowość znalazła się na terenie Prus Królewskich, a więc pod zwierzchnictwem polskim i tak było do 1772 r., kiedy to w wyniku I rozbioru Polski przeszła pod panowanie pruskie. W tym okresie odnotowywano na Mierzei wypady wojsk Prus Książęcych, których to żołnierze porywali rekrutów. Nieudany wypad odparty przez mieszkańców Sztutowa odnotowano np. w 1739 r.
Po I rozbiorze Polski Sztutowo zostało zaanektowane przez Prusy. W latach 1773–1918 Sztutowo podlegało administracji pruskiej.
Według Słownika Geograficznego Królestwa Polskiego (tom XII, wyd. 1892, dane za rok 1885) Sztutowo liczyło 2490 mieszkańców, z czego 2412 było ewangelikami, 69 katolikami, zaś 9 dysydentami. Znajdowało tu się wówczas 245 domów.
Niemieccy właściciele