Początkowo osada należała do książąt pomorskich. W połowie XIII wieku przejęli ją Krzyżacy. W 1432 roku powstała tu karczma oraz stadnina koni dla rycerzy krzyżackich.
Po II pokoju toruńskim wieś przeszła pod administrację Gdańska. Powstał tu wówczas dwór dzierżawiony przez gdańskie rody.
XVIII–XX w. W 1716 roku w Sztutowie gościł car Piotr Wielki.
Własność Gdańska
Upadek Zakonu Krzyżackiego spowodowany przegraną wojną trzynastoletnią i zawarcie II pokoju toruńskiego w 1466 roku spowodowały zmiany właścicieli wsi. Odtąd Sztutowo należało do Gdańska – aż do 1793 roku, czyli do II rozbioru Polski.
Lata 1466–1793 przyniosły wsi bogactwo, ale i zniszczenia wywołane wojnami Rzeczypospolitej w XVII i XVII wieku. W Sztutowie osiedliła się rodzina Schopenhauerów, z której pochodzi jeden z najbardziej rozpoznawalnych filozofów – Artur Schopenhauer. Spędzał tu wakacje nie tylko on, ale i sam car Rosji Piotr Wielki, który zanocował w Sztutowie w marcu 1716 roku, gdy zmierzał do Gdańska na spotkanie z polskim królem Augustem IIM. Owsiński, Naznaczeni. Stutthof - Obozy - Sztutowo w latach 1945-1962. Dzieje gminy, gromady i miejsca pamięci, Sztutowo 2015, s.19.
Ówczesne Sztutowo było dużą wsią. Wystarczy wspomnieć o 1100 mieszkańcach i 200 dzieciach uczęszczających do miejscowej szkoły.