Systematyczna eksploracja rozpoczęła się w 1884 roku po utworzeniu sekcji jaskiniowej przy nadmorskim oddziale Niemieckiego i Austriackiego Towarzystwa Alpejskiego w Trieście. Badaniami kierowali Anton Hanke, Jožef Marinitsch i Friedrich Müller, wspierani przez mieszkańców okolicznych miejscowości.
W 1887 roku badacze dotarli do czternastego wodospadu w Hankejevim kanalu. W 1890 roku odkryli Martelovą dvoranę i osiągnęli brzeg Mrtvego jezera, położonego około 1700 m od ponoru Reki.
W 1904 roku miejscowi badacze, po pokonaniu około 60-metrowej ściany Müllerjevej dvorany, odkryli Tihą jamę. W 1991 roku Janko Brajnik i Samo Morel przepłynęli syfon w pobliżu Marchesettijevego jezera i odkryli ponad 200 m dalszych korytarzy z podziemną rzeką i jeziorami.
Archeologia
W otoczeniu jaskiń zidentyfikowano ponad 30 stanowisk archeologicznych, z których znaczna część znajduje się w jaskiniach lub przepaściach. Najstarsze ślady użytkowania Tominčevej jamy i Roškiej špilji pochodzą z eneolitu i wczesnej epoki brązu, z okresu około 3000–1700 p.n.e..