W lecie 1916 był jednym z sygnatariuszy memorandum do Niemieckiego Głównodowodzącego na Froncie Wschodnim, w którym domagał się prawa Litwinów do samostanowienia. Był jednym z organizatorów Konferencji Litewskiej w Wilnie (wrzesień 1917), członkiem jej Prezydium. Wybrano go także na członka Rady Państwowej (Taryby), później awansował do roli jej przewodniczącego. We wrześniu 1917 roku rozpoczął wydawanie narodowego pisma „Lietuvos aidas”. 11 grudnia 1917 Rada Państwowa uchwaliła deklarację o wznowieniu niepodległości w ścisłym sojuszu z Niemcami, zaś 16 lutego 1918 Smetona razem z innym działaczami podpisał akt pełnej niepodległości Litwy.
W czasie I wojny światowej i bezpośrednio po niej pozostawał zwolennikiem porozumienia Litwy z Niemcami, uważając, iż dla młodej państwowości litewskiej większe zagrożenie stanowią Polacy. Na przełomie lat 1918 i 1919 przebywał w Niemczech i w krajach skandynawskich, gdzie lobbował na rzecz niepodległej Litwy. 2 listopada 1918 roku stanął na czele Prezydium Taryby (pełniącego tymczasowo urząd głowy państwa). 4 kwietnia 1919 Taryba wybrała go na pierwszego prezydenta młodej republiki. Po przegranej narodowców w wyborach do Sejmu Ustawodawczego w kwietniu 1920, spowodowanym m.in. sceptycznym podejściem ugrupowania do reformy rolnej, podał się 9 czerwca 1920 roku do dymisji.