Zgłaszała też sprzeciw wobec osobnego sztabu sił NATO i UZE.

Kolejnym kontrowersyjnym problemem stał się kształt Komisji Europejskiej. W projekcie Giscarda d’Estaing przewidziano jej redukcję do 15 członków w celu usprawnienia pracy rządu europejskiego. Spotkało się to z protestem mniejszych krajów niechętnie godzących się na utratę własnego komisarza. Polska popierała taktycznie zasadę „jeden kraj, jeden komisarz” – głównie w celu skłonienia małych państw do życzliwości wobec polskiego postulatu w sprawie sposobu liczenia głosów.

Wiele kontrowersji wywołała też kwestia preambuły. Pierwotnie Konwent proponował umieścić tam odniesienie do kultury starożytnych Greków i Rzymian oraz Rewolucji Francuskiej. Spotkało się to z krytyką kościołów, europejskiej chadecji oraz rządów wielu krajów członkowskich. Protestował też szef Komisji Europejskiej Romano Prodi. Ostatecznie stanęło na odwołaniu do „tradycji humanistycznej i religijnej” bez wymienienia konkretnego wyznania. Również ta forma nie usatysfakcjonowała zwolenników nawiązania do wartości chrześcijańskich w preambule. Bardzo mocno za odniesieniem do tradycji chrześcijańskiej opowiadał się Jan Paweł II oraz rządy Polski, Irlandii, Włoch, Portugalii, Hiszpanii, Litwy, Słowacji i Austrii. Skłonni byli je zaakceptować Niemcy, Czesi i Holendrzy.