Do lat 30. XX wieku nie było w Wabczu gospodarstw rolnych oprócz sąsiedniego Wabcza-Kolonii. Ziemia w Wabczu należała do majątku ziemskiego Wabcz oraz parafii Wabcz. W latach 30. XX wieku wskutek przedwojennej reformy rolnej wykupiono część majątku dla nowych rolników.
W 1939 roku po wybuchu II wojny światowej aresztowano proboszcza z Wabcza Maksymiliana Putynkowskiego. Niemcy z selbschutzu zamordowali go później w Klamrach, przez pewien czas parafia była zamknięta. W czasie II wojny światowej Niemcy w majątku ziemskim w Wabczu osadzili kolonistę niemieckiego Hugo Schulza. Ukradli z Wabcza część ksiąg parafialnych, dzwony, kielichy mszalne oraz pacyfikał. Przerażeni tym postępowaniem okupantów mieszkańcy na czas wojny ukryli w bezpiecznym miejscu figurę ołtarzową św. Anny. Podczas okupacji działała w Wabczu konspiracyjna organizacja PAP (Polska Armia Powstańcza), która podlegała komendzie w Chełmnie, kierowanej przez Alfonsa Klementowskiego. W czasie II wojny światowej miejscowość posiadała status majątek. W latach 1939 - 1942 dotychczasową nazwą wsi było Wabcz, lecz po przeprowadzonej zamianie nazw miejscowości w Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie, w latach 1942 - 1945 nazywała się Wabsch.