W 1226 roku Konrad Mazowiecki nadał dobra książęce w ziemi chełmińskiej zakonowi krzyżackiemu, przy tym nie wyrzekał się praw zwierzchnictwa nad tym terytorium; dokument ten nie obejmował dóbr kościelnych i rycerskich. Krzyżacy jednak dokument sfałszowali i zajęli całą ziemię chełmińską. W 1288 roku mistrz krajowy odnowił lokacje wsi i wiemy też z dokumentu, że w 1288 roku stał już murowany kościół. Konserwatorzy zajmujący się budowlą określają, że kościół mógł powstać już w XII w. Chłopi z Wabcza za czasów Krzyżackich za użytkowanie ziemi płacili od łana czynsz Krzyżakom 3 wiardunki i 2 kury.
Komtur starogrodzki był właścicielem Wabcza do wojny trzynastoletniej. Po wojnie Wabcz powrócił do Polski i Aleksander Jagiellończyk nadał Wabcz biskupom chełmińskim. W 1516 roku biskup chełmiński Jan Konopacki w drodze wymiany oddał Wabcz chorążemu Howrekowi ze Smoląga. Potomkowie Howreka przyjęli nazwisko Wapczyńscy i pieczętowali się herbem Leliwa. W rękach Wapczyńskich dobra szlacheckie pozostały do 1682 roku. W 1682 roku Wabcz należy do trzech rodzin: Konojadzkich, Orłowskich i Rudnickich.