Od początków 1961 do kwietnia 1963 wraz z innymi unionistami – bratem Juliuszem, Kazimierzem Studentowiczem, Zygmuntem Kopankiewiczem i Władysławem Siłą-Nowickim – zasiadał w zarządzie Klubu Inteligencji Katolickiej, z którego ustąpił po konflikcie z Jerzym Zawieyskim.

Przez ostatnie dziesięć lat życia mieszkał we Włoszech. W sierpniu 1962 otrzymał zaproszenie do udziału w II soborze watykańskim w charakterze obserwatora. Zgodę na wyjazd uzyskał na początku 1965 po rozmowie z członkiem Biura Politycznego KC PZPR Zenonem Kliszką za cenę współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa, którą kontynuował do 1971. Dotarł do Rzymu z prymasem Stefanem Wyszyńskim 7 maja 1965, a 19 maja został przyjęty wraz z Hoppem, Sieniewiczem i Popielem przez papieża Pawła VI. W czerwcu 1965 był w Szwajcarii, gdzie spotkał się z byłym unionistą i profesorem Uniwersytetu we Fryburgu Constantinem Régameyem i za jego pośrednictwem z , ambasadorem Szwajcarii w Indiach i pionierem porozumienia chrześcijaństwa z hinduizmem, a następnie w Belgii, gdzie rozmawiał z prymasem Léonem-Josephem Suenensem. Uczestniczył w IV sesji II soboru watykańskiego jako ekspert od ekumenizmu, usiłował poprzez liczne memoriały i wystąpienia wywrzeć pożądany wpływ na kierunek obrad, do czego niechętnie odniósł się Wyszyński.