Relacje Brauna z Wyszyńskim uległy w Watykanie pogorszeniu, prymas zabronił Braunowi wizyt w Sekretariacie Stanu i wycofał poparcie dla jego działalności, a pisarz skrytykował go za antyinteligencki zwrot w kierunku religijności masowej w związku z obchodami milenijnymi w Polsce. Od 1967 Braun współpracował regularnie z Radiem Watykańskim.
Po zakończeniu soboru spędził początek 1966 w Kanadzie u rodziny, po czym odbył cykl spotkań i wykładów w Stanach Zjednoczonych (m.in. Chicago, Detroit, Nowy Jork, Uniwersytet Harwarda). W 1967 podczas wizyty z prelekcjami w Londynie uzgodnił publikację swoich prac w wydawnictwie Odnowa Jerzego Kulczyckiego. Jego liczne podróże, połączone z odczytami na temat kultury polskiej i jej wpływu na filozofię Europy, objęły oprócz wspomnianych krajów także Francję, Hiszpanię i Portugalię.
Zmarł w Rzymie. Staraniem rodziny jego prochy powróciły do Polski. Został pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie kw. 170-III-2, blisko Alei Zasłużonych. Życie i twórczość Jerzego Brauna została opisana przez Eugeniusza