Najwięcej dyskusji wzbudza pozycja gniotowców (Gnetales). Ze względu na liczne podobieństwa były w przeszłości uważane nawet za grupę siostrzaną do okrytozalążkowych. Liczne dowody molekularne wskazują nie tylko na zagnieżdżenie tej grupy w obrębie nagozalążkowych, ale w dodatku na jej siostrzany charakter w stosunku do rodziny sosnowatych (Pinaceae)Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers — PNAS. Dalsze badania molekularne wskazały gniotowce jako takson siostrzany dla araukariowców i cyprysowców, wobec której to grupy bazalną pozycję zajmują sosnowate. W efekcie kladogramy przedstawiające powiązania filogenetyczne w obrębie nagonasiennych prezentują po wyłączeniu bazalnych sagowców i miłorzębowców trzy główne linie rozwojowe – sosnowate, gniotowce oraz grupę składającą się z siostrzanych rzędów araukariowców i cyprysowców.
Relacje filogenetyczne w obrębie współczesnych przedstawicieli nagonasiennych według Ran i in. z 2018
Relacje filogenetyczne w obrębie współczesnych przedstawicieli nagonasiennych według Lu i in.