Współczesne klasyfikacje grupie tej nadają różną rangę i nazwy i dzielą na cztery o różnie identyfikowanych relacjach między nimi. W klasyfikacji nawiązującej do systemu APG III z 2009 nagonasienne tworzą grupę bez rangi składającą się z 4 podklas (Cycadidae, Ginkgooidae, Gnetidae i Pinidae) reprezentujących klasę roślin telomowych (Equisetopsida). W systemie Ruggiero i in. (2015) jest to nadklasa, ale o nieformalnym charakterze (nazwa naukowa zapisana w cudzysłowie) składająca się z czterech klas: sagowcowych Cycadopsida, miłorzębowych Ginkgoopsida, gniotowych Gnetopsida i iglastych Pinopsida. W propozycji Yanga i in. (2022) nagonasienne dzielone są na trzy klasy Cycadopsida, Ginkgoopsida i Pinopsida, z których dwie pierwsze są monotypowe z podklasami odpowiednio Cycadidae i Ginkgoidae, a ostatnia obejmuje trzy podklasy Cupressidae, Pinidae i Gnetidae.
Zwykle jako klad bazalny (siostrzany dla wszystkich pozostałych nagozalążkowych) wskazywane są sagowcowe, a następny klad tworzą miłorzębowe. W niektórych ujęciach jednak miłorzębowe sytuowane są jako siostrzane dla sagowcowych, tworząc wraz z nimi wspólnie klad siostrzany.