Wymarłe gatunki thumb|Hippopotamus gorgops, miał wyjątkowo wysokie oczodoły, zamieszkiwał Europę, wyginął przed ostatnią epoką lodowcową. W czasie holocenu na Madagaskarze wymarły trzy gatunki hipopotama madagaskarskiego, przy czym jeden z nich w ciągu ostatniego tysiąclecia. Hipopotamy madagaskarskie były mniejsze niż współczesne hipopotamy, prawdopodobnie w wyniku procesu karłowacenia (zwierzęta mieszkające na wyspach są mniejsze od ich odpowiedników na kontynencie). Dowody kopalne, mówią nam że wiele madagaskarskich hipopotamów było zabijanych dla mięsa przez ludzi, co mogło przyczynić się do ich wyginięcia. Pojedyncze okazy madagaskarskich hipopotamów mogły przetrwać w trudno dostępnych zakątkach. W 1976 r. mieszkańcy wsi opisali żyjące tam zwierzę nazwane Kilopilopitsofy, który mógł być hipopotamem madagaskarskim.
Oddzielne gatunki hipopotama – hipopotam europejski (H. antiquus) i H. gorgops – występowały w kontynentalnej Europie i Wyspach Brytyjskich. Oba gatunki wymarły przed ostatnim zlodowaceniem. Przodkowie hipopotama europejskiego dotarli także do wielu wysp w basenie Morza Śródziemnego podczas plejstocenu.