Konserwacja pozwoliła też na dokonanie badań dendrochronologicznych drewna dębowego, z którego wykonano konstrukcję ołtarza. 130-letnie drzewa pochodziły z Puszczy Niepołomickiej i rosły w latach 1350–1472. Z racji, że Puszcza w wiekach XIII–XVIII była terenem królewskim wykorzystywanym głównie do polowań, pozwala to zakładać, że para królewska wsparła budowę ołtarza.
Nawiązania Historia powstania ołtarza jest kanwą powieści Antoniny Domańskiej Historia żółtej ciżemki. Na podstawie książki zrealizowano w 1961 film pod tym samym tytułem w reżyserii Sylwestra Chęcińskiego, w którym zadebiutował 11-letni wówczas Marek Kondrat. Film ten został nagrodzony Srebrnym Medalem na Międzynarodowym Festiwalu Filmów dla Dzieci i Młodzieży w Wenecji w 1962 roku. Ołtarz Wita Stwosza jest tematem opery Józefa Świdra Wit Stwosz z roku 1974.