Ołtarz był konserwowany na Wawelu w latach 1946–1950, oddany do kościoła Mariackiego w 1957 roku.
W 2015 rozpoczęła się renowacja ołtarza, której wykonawcą został Międzyuczelniany Instytut Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki warszawskiej i krakowskiej ASP.
Kierownikiem prac badawczo-konserwatorskich był dr hab. Jarosław Adamowicz, profesor ASP w Krakowie. W toku prac zostały również przeprowadzone badania technik snycerskich i malarskich stosowanych przy budowie ołtarza. Konserwacja została zakończona po pięciu latach, w lutym 2021 roku.
Prace badawcze pozwoliły na przywrócenie kolorystyki bliskiej średniowiecznej palecie barw, która po konserwacji jest bardziej nasycona. Budują ją czerwień ram, błękit azurytu i liczne złocenia. Został także przywrócony oryginalny układ kompozycyjny figur. Podczas prac przy zabytku odkryto inskrypcję „1486”, na wysokości łokcia figury św. Jakuba. Data uwidoczniła się podczas usuwania przemalowań z odwrocia rzeźby, na boku szaty apostoła. Odkrycie to rzuca nowe światło na to, w którym roku została ukończona zasadnicza część ołtarza. Do tej pory nie odkryto żadnych napisów na ołtarzu w postaci daty, sygnatury, inskrypcji czy gmerku.