Włoch, niezwykle popularny wśród graczy i w mediach, nie przyniósł oczekiwanych sukcesów. Doprowadził drużynę do półfinału Ligi Mistrzów (porażka z Ajaksem Amsterdam), ale w lidze zajął zaledwie 6. miejsce. Trapattoniego zastąpił Otto Rehhagel, który przyprowadził do zespołu kilku graczy, takich jak Klinsmann czy Sforza. On jednak też nie osiągnął zadowalających wyników i tymczasowo zastąpił go Beckenbauer. Po dramatycznym półfinale (2:2 w Monachium i 2:1 na Camp Nou) z Barceloną Bayern pod wodzą Cesarza sięgnął po Puchar UEFA, pokonując w finałowym dwumeczu Girondins Bordeaux (2:0 i 3:1). Po krótkim epizodzie trenerskim Beckenbauera do klubu powrócił Trapattoni. Dwa lata i dwa tytuły: mistrzostwo 1997 i Puchar Niemiec 1998. W 1998 Trapattoniego zastąpił utytułowany Ottmar Hitzfeld. Zdobył kolejne mistrzostwo Niemiec, a Puchar Mistrzów był niezwykle blisko. Po dramatycznej końcówce finału wygrał Manchester United F.C. 2:1 (2 gole Anglików po 90 minucie – Sheringham i Solskjaer), w tym samym roku Puchar Niemiec też był blisko, jednak dopiero po rzutach karnych wygrał Werder Brema.