rok później Bayern zdobył Puchar Niemiec, pokonując po rzutach karnych Borussię Mönchengladbach. Lothar Matthäus strzelił w tym finale swojego ostatniego gola dla Borussii przed transferem do Monachium. Niedługo potem Rummenigge przeszedł do Interu Mediolan za rekordową wówczas sumę 11 milionów marek. W następnym roku Bayern ponownie zwyciężył w lidze. W 1987 doszedł do finału Pucharu Mistrzów, ale tak jak przed pięcioma laty przegrał, tym razem z FC Porto 1:2. W 1988 drużynę przejął Jupp Heynckes. Zbudował nowy zespół w oparciu o takich graczy, jak Matthäus, Bremhe, Eder, Hughes, Pfaff. W 1989 i 1990 zdobył mistrzostwo Niemiec, ale pozostawał nadal bez sukcesu w najważniejszym z europejskich pucharów; w tym samym czasie Niemcy zdobyli Mistrzostwo Świata z aż sześcioma graczami Bayernu w składzie.
1991–1999 Heynckes opuścił zespół w sezonie 91/92, a zastąpił go Søren Lerby. Ten jednak, nie odnosząc sukcesów, został wkrótce zastąpiony przez Ericha Ribbecka; Karl-Heinz Rummenigge i Franz Beckenbauer zostali wiceprezydentami klubu. W sezonie 93/94 Beckenbauer zastąpił pechowego Ribbecka i zdobył mistrzostwo kraju. Następnie zespół przejął Giovanni Trapattoni;