Na sześć dni przed swoją śmiercią, Benedykt poprosił swoich uczniów by otworzyli jego grobowiec. W ciągu następnych dni dostał silnej gorączki i jego stan ciągle się pogarszał. 21 marca 543 albo 547 roku przyjął Eucharystię i po krótkiej modlitwie zmarł. Według tradycji chrześcijańskiej zmarł w postawie stojącej, będąc podtrzymywanym przez swoich uczniów. Pochowano go we wspólnym grobie z jego siostrą Scholastyką w oratorium św. Jana Chrzciciela. Relikwie świętego po kilkakrotnych przeniesieniach ostatecznie wywieziono 11 lipca do Fleury we Francji na przełomie VII i VIII wieku.

Patronat W 1964 roku w trakcie soboru watykańskiego II Paweł VI ogłosił świętego Benedykta Patronem Europy, podkreślając w ten sposób rolę, jaką zakony oparte na jego regule odegrały w łączeniu tradycji Wschodu i Zachodu oraz cywilizowaniu Europy. Tradycja nadała mu też tytuł patriarchy monastycyzmu Zachodu.

W tradycji zachodniej uważany jest za patrona wielu zakonów, architektów, górników, rolników, inżynierów, nauczycieli, speleologów, uczniów, wydawców;