W części wakuol zachodzą reakcje hydrolizy. Wewnątrz takich wakuol stwierdzono obecność enzymów takich jak proteinazy, peptydazy, esterazy, glikozydazy i inne. Funkcja lityczna wiąże się z procesem autofagii, która może mieć formę mikroautofagii, w której dochodzi do wpuklenia tonoplastu, w efekcie której powstaje ciało autofagowe. Stopniowo błona pęcherzyka wewnątrz wakuoli ulega degradacji, a zawartość jest uwalniana wewnątrz wakuoli. Możliwa jest także makroautofagia, polegająca na przyłączeniu do wakuoli struktury przedautofagowej, czyli cytoplazmy wcześniej otoczonej błoną. Zawartość struktury zostaje wprowadzona do wnętrza wakuoli a jej błona staje się częścią tonoplastu. Autofagia jest ważnym procesem umożliwiającym między innymi programowaną śmierć komórki roślinnej, zachodzącą na przykład podczas tworzenia drewna. Lityczne właściwości wakuol są także kluczowe w procesie odzyskiwania substancji ze starzejących się organów przed ich obumarciem lub odcięciem.