Wakuola jako przedział spichrzowy jest także miejscem gromadzenia substancji zapasowych. Mogą być w niej gromadzone cukry proste, polisacharydy, aminokwasy, białka tłuszcze oraz kwasy organiczne. W tkance spichrzowej korzeni roślin stwierdza się obecność inuliny w wakuolach, zaś u grzybów i protistów wewnątrz wakuoli mogą być gromadzone glikogen oraz tłuszcze. Substancje zapasowe gromadzone w wakuoli takie jak białka w postaci ziaren aleuronowych wykorzystywane są podczas rozwoju rośliny podczas kiełkowania lub w okresach gdy fotosynteza nie może zachodzić. W szczególny sposób w metabolizmie komórki uczestniczą wakuole roślin przeprowadzających fotosyntezę CAM. W nocy rośliny te pobierają CO2 i przekształcają do kwasów organicznych, które są gromadzone w wakuoli. Za dnia zgromadzone kwasy ulegają rozkładowi a dwutlenek węgla wykorzystywany jest w procesie fotosyntezy. Dzięki gromadzeniu CO2 przez noc, w dzień aparaty szparkowe mogą pozostać zamknięte, co chroni roślinę przed utratą wody w klimacie suchym i gorącym.