Wreszcie, w 1913, Prell nadał im rangę osobnej podgromady w grupie sześcionogów.
Analiza filogenetyczna przeprowadzona przez Luana i współpracowników sugeruje, że pierwogonki są najbliżej spokrewnione z widłogonkami, a następnie ze skoczogonkami, razem tworząc grupę siostrzaną dla owadów. Współcześnie klasyfikuje się je w randze podgromady lub gromady i zalicza wraz z widłogonkami i skoczogonkami do gromady skrytoszczękich, będących grupą siostrzaną jawnoszczękich, do których należą owady. Zdarza się, że nazwę Protura stosuje się do rzędu, a do podgromady zaproponowaną przez Berlesa Myrientomata.
Morfologia thumb|Gatunek z rodzaju Acerentomon pod mikroskopem stereoskopowym Drobne stawonogi o ciele smukłym, delikatnym, słabo zesklerotyzowanym, barwy od białej lub żółtawobiałej przez żółtą do żółtobrązowej, długości od 0,5 do 1,8 mm (lub od 0,2 do 2 mm).