Niewola radziecka Udało mu się jednak przedostać do Lwowa, gdzie był jednym z organizatorów konspiracji antyradzieckiej. Został zastępcą gen. dyw. Mariana Żegoty-Januszajtisa, który stanął na czele Polskiej Organizacji Walki o Wolność. 12 grudnia 1939 opuścił miasto z zamiarem przedostania się do Francji (szefostwo nad POWoW przejął płk Jerzy Dobrowolski). Zamierzając przekroczyć granicę z Węgrami, posługując się tożsamością Marian Morawski, w nocy z 13 na 14 grudnia został aresztowany przez NKWD we wsi Sitno koło Nadwórnej. Więziony był w Stanisławowie, a następnie na Łubiance w Moskwie. Na Łubiance w listopadzie 1940 r. odbył rozmowy z Berią, który proponował mu tworzenie oddziałów wojska polskiego w ZSRR.
Armia Polska w ZSRR i Polskie Siły Zbrojne Po zawarciu układu Sikorski-Majski, w sierpniu 1941 został zwolniony z więzienia. Na wniosek gen. Władysława Andersa, dowódcy Armii Polskiej w ZSRR, został przez Naczelnego Wodza gen. Władysława Sikorskiego mianowany dowódcą 5 Wileńskiej Dywizji Piechoty. Od marca 1942 roku był dowódcą wojsk ewakuowanych do Iranu.