W 1795 roku gmina Okuniew po upadku państwa polskiego, po III rozbiorze weszła w skład państwa austriackiego. Okuniew był krótko miastem granicznym (1795–1807 granica austriacko-pruska, 1807–1809 granica Austrii i nowo powstałego Księstwa Warszawskiego). W Okuniewie i Zielonej (dziś Wesoła) znajdowały się komory celne. W 1809 roku w wyniku wojny Austrii z Księstwem Warszawskim ziemie III zaboru austriackiego włączono w skład Księstwa Warszawskiego. Wojna ta była częścią wojny V koalicji z Napoleonem Bonaparte.
W latach 1815–1831 było to miasto powiatowe. W czasie powstania listopadowego między Okuniewem a Starą Miłosną toczyły się walki poprzedzające bitwę pod Olszynką Grochowską, a ostrzelany przez Rosjan Okuniew spłonął w czasie bitwy w dniu 18 lutego 1831 r., wówczas władze powiatowe przeniesiono do Mińska Mazowieckiego.
Podczas powstania listopadowego w 1831 r. miała miejsce bitwa pod Okuniewem, w której walczył Piotr Wysocki.
Podczas powstania styczniowego w okolicach Okuniewa trwały potyczki partyzanckie w kwietniu i wrześniu 1863 roku.