Ten pierwszy wciąż opowiadał się za współpracą z monarchią austro-węgierską, zajmował się także zaciągiem Polaków do Polnische Wehrmacht. Piłsudski natomiast był zdania, że wobec braku ustępstw politycznych należy wstrzymać rekrutację. W lipcu 1917 żołnierze dwóch brygad legionowych – na tajne polecenie Komendanta – odmówili złożenia przysięgi lojalności cesarzowi niemieckiemu (kryzys przysięgowy). Piłsudski został internowany w Magdeburgu, a Sikorski został ponownie wcielony do armii austro-węgierskiej. Został komendantem komendy uzupełnień Polskiego Korpusu PosiłkowegoMała encyklopedia wojskowa, Warszawa, 1970, t. II, s. 723.. Po zawarciu traktatu brzeskiego w marcu 1918 Sikorski zaprotestował przeciwko oderwaniu Chełmszczyzny od Królestwa Polskiego. W wyniku tego protestu został oskarżony o zdradę stanu i internowany.
Po wyjściu z internowania podjął współpracę z gen. Tadeuszem Rozwadowskim, wówczas nieoficjalnym doradcą Rady Regencyjnej, a od października 1918 szefem sztabu Wojska Polskiego. już w październiku Sikorski przystąpił do tworzenia Wojska Polskiego na terenie Galicji, rekrutowanego głównie z członków byłego Polskiego Korpusu Posiłkowego.