Na Pradze przebito odcinek w miejscu dawnych torów pasażerskich Dworca Wileńskiego i uliczki powstałej wzdłuż budynku Dyrekcji Kolei, aż do ul. Radzymińskiej i Naczelnikowskiej. W tym celu zburzono część prowizorycznego dworca przy ul. Targowej oraz przeprowadzono tor radzymińskiej kolei wąskotorowej (aby zlikwidować skręt do stacji Warszawa Stalowa w poprzek jezdni) do stacji Warszawa Targowa. Ruch pasażerski na stacji Warszawa Wileńska został przeniesiony na tory towarowe, a jej teren znów znacznie zmniejszony.
W czasie budowy usunięto ok. 0,3 mln m³ gruzu oraz wykopano i wywieziono ok. 0,2 mln m³ ziemi.
6 grudnia 1948 ukończono budowę mostu Śląsko-Dąbrowskiego, a następnego dnia budowę tunelu Trasy W-Z.
W 1949 r. zaczęła się osuwać ku Wiśle skarpa wiślana, a mury stojącego na niej kościoła św. Anny zaczęły pękać. Osuwanie się skarpy powstrzymano dzięki zastosowaniu metod zeskalania podłoża opracowanych przez Romualda Cebertowicza.
Wraz z końcowymi pracami nad trasą W-Z na plac Zamkowy 12 lipca 1949 powróciła kolumna Zygmunta III Wazy.