Z kolei inni taksonomowie grupują hipopotamy w rodzinie Anthracotheriidae, nadrodzinie Anthracotheroidea lub Hippopotamoidea.
W obrębie gatunku hipopotam nilowy na podstawie różnic morfologicznych w budowie czaszki oraz rozmieszczenia geograficznego wyodrębniono pięć podgatunków.
Klasyfikacja 250px|thumb|Czaszka hipopotama, widoczne duże kły używane do walk Hipopotamowate sklasyfikowane są wraz z innymi rodzinami w rzędzie Cetartiodactyla, do którego zaliczane są m.in.: walenie, wielbłądy, wołowate, jeleniowate i świnie. Mimo to hipopotamy nie są ściśle spokrewnione z tymi zwierzętami.
Jak wskazuje nazwa, starożytni Grecy sądzili, że hipopotam jest spokrewniony z koniem (hippos znaczy koń). Do 1985 roku przyrodnicy grupowali hipopotamy razem ze świniami domowymi sugerując się budową zębów. Dane uzyskane najpierw z badania białek krwi, a następnie z filogenezy molekularnej, DNA oraz skamielin pokazują, że ich najbliższymi żyjącymi krewnymi są walenie – wieloryby, morświny, delfiny itp. Hipopotamy mają więcej wspólnego z wielorybami, niż z innymi parzystokopytnymi, jak świnie, ponieważ wspólny przodek hipopotamów i waleni oddzielił się w pewnym momencie od przeżuwaczy oraz innych parzystokopytnych.