Lotnictwo niemieckie zniszczyło też kilkanaście samolotów i samochodów oraz centralny hangar.
Poczynając od 1940 roku Niemcy odbudowali i rozbudowali lotnisko. Było to możliwe dzięki niewolniczej pracy ok. tysiąca Żydów z obozu pracy istniejącego w latach 1942–1944 na terenie Małaszewicz Dużych. Żydowscy robotnicy przymusowi z tego obozu zostali w 1944 roku rozstrzelani w Kobylanach. Lotnisko w Małaszewiczach miało strategiczne znaczenie dla Luftwaffe operującej na froncie wschodnim, m.in. w czasie operacji Barbarossa. Stacjonowały tu szybowce transportowe Messerschmitt Me-321 oraz samoloty Messerschmitt Me-323 Gigant.
Stacja kolejowa Małaszewicze stała się podczas okupacji ważnym ośrodkiem polskiego ruchu oporu. W strukturze Armii Krajowej, Rejon IV Małaszewicze wchodził w skład Obwodu Biała Podlaska. Zorganizowano tutaj między innymi zakonspirowaną szkołę podchorążych i kurs podoficerów, do których kierowano młodzież z różnych stron okupowanego kraju. Niemiecka baza Luftwaffe przestała istnieć w lipcu 1944 roku.