Na przełomie XIX i XX wieku wieś miała status dominium () w powiecie gnieźnieńskim. W 1885 roku jego powierzchnia wynosiła 1468 mórg. We wsi było 7 domów zamieszkanych przez 168 osób, wszystkie wyznania katolickiego, w tym 64 analfabetów. Właścicielem wsi był Franciszek Żółtowski.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa konińskiego.
W grudniu 2017 uchwałą Rady Miejskiej Witkowo z sołectwa Małachowo-Złych Miejsc wydzielono nowo utworzone sołectwo Małachowo-Szemborowice.
Archeologia W 1859Fontes archaeologici Posnanienses: annales Musei Archeologici Posnaniensis, Tomy 24-27; Archeologia Polski, Tomy 21-22; Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1976, str 96 w czasie prac rolnych na terenie wsi nieopodal grodziska znaleziono przypadkowo, pochodzącą prawdopodobnie z warsztatów nadczarnomorskich brązową figurkę Izydy karmiącej Horusa (wys. 0,195 m)U źródeł Polski średniowiecznej. Witold Hensel, Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1974 - 66. Posążek z czasem uchrystianizowano, pozbawiając go boskich atrybutów. Zostały spiłowane rogi i dysk solarny. Rzeźba dotarła na współczesne ziemie polskie około IV wieku, przemieniona zapewne przez Gotów w Madonnę z Dzieciątkiem Jezus – mit ocalony w pamięci przez środowiska gnostyczne.