Stanisław Kozierowski w książce o historii struktury parafialnej Archidiecezji Gnieźnieńskiej, wszystkie wsie o nazwie Małachowo w okolicy Witkowa miały powstać na terenach wykarczowanych w Puszczy Mokowskiej nad rzeką Mokownicą.
W XV i XVI wieku Małachowo-Złych Miejsc, razem z sąsiednimi Małachowami, należało do parafii św. Mikołaja w Witkowie.
Wszystkie te wsie były zamieszkane przez szlachtę zagrodową, która zwykle nie miała żadnych kmieci i sama trudniła się uprawą swoich gospodarstw, które mogły mieć od nawet poniżej jednego łana, do najwyżej 2 lub 3 łanów. Rejestr z 1535 roku podawał 8 działów w Małachowie-Złych Miejsc, a w 1564 już tylko 3 działy. Każdy z działów albo był zamieszkany przez odrębną rodzinę szlachecką, albo stanowił fragment majątku drobnoszlacheckiego, złożonego z rozrzuconych kilku takich działów, z pojedynczymi kmieciami. Dwory płaciły dziesięcinę na rzecz parafii, a kmiecie, jeśli w nich w ogóle byli, oprócz dziesięciny po korczyku żyta.
Teki Dworzaczka przechowywane w Bibliotece Kórnickiej wskazują, że jeszcze w roku 1687 we wsi jakieś działy miała rodzina Małachowskich, gdyż Władysław Małachowski i Samuel Hieronim Bieganowski dokonali w tym roku wzajemnego skwitowania z kontraktu o części tej miejscowości.