Kolaboracja z Niemcami Po rozpoczęciu okupacji pozostałości po Czechosłowacji przez wojska niemieckie 16 marca zachował stanowisko prezydenta, ale w październiku odmówił złożenia przysięgi wierności Hitlerowi i przysłanemu z Niemiec protektorowi Czech i Moraw Konstantinowi von Neurathowi. Wbrew początkowym rozterkom postanowił pozostać na stanowisku, aby chronić to, co tylko możliwe (na przykład jego życzenia urodzinowe dla Hitlera 20 kwietnia 1940 przyniosły zwolnienie 150 osób z obozów koncentracyjnych) i aby władza nie dostała się w ręce lokalnych faszystów. W kwietniu 1939 powołał na stanowisko premiera generała Aloisa Eliáša, który potajemnie zaczął organizację ruchu oporu. Sam prezydent protestował przeciwko polityce germanizacji stosowanej przez Niemców, jednak z marnymi efektami; póki jednak Neurath – dyplomata i arystokrata – pozostawał na stanowisku protektora, miał on chociaż partnera skłonnego do jakichkolwiek rozmów. Jako prawnik miał nadzieję, że oficjalne określenie przez Niemców prawnego statusu protektoratu Czech i Moraw jako autonomii lub okupowanego kraju jasno określi rolę władz czeskich zgodnie z zasadami prawa międzynarodowego, ale Niemcy świadomie tego unikali.