Był zresztą jedynym kandydatem; politycy, którzy dopuścili do katastrofy I Republiki, byli skompromitowani, a osoba nowego prezydenta dawała im możliwość przeczekania najgorszych czasów. Sam Hácha urząd przyjął niechętnie, w poczuciu obowiązku względem kraju. W liście do Beneša napisał późniejMariusz Surosz: Pepiki. Dramatyczne stulecie Czechów, Wydawnictwo W.A.B., Warszawa 2010 za: Edvard Beneš Pamĕti. Od Mnichova k nové valce a k novému vitĕzství, Praha 1947, s. 82.:
We wrześniu 1941 w wywiadzie dla gazety Národní politika dzień swojego wyboru określił jako najczarniejszy dzień jego życiaMariusz Surosz: Pepiki. Dramatyczne stulecie Czechów, Wydawnictwo W.A.B., Warszawa 2010 za: Tomáš Pasák JUDr Emil Hácha s. 178..
14 marca 1939 za pośrednictwem niemieckiej ambasady w Pradze Hitler zażądał natychmiastowego przyjazdu prezydenta do Berlina – jak mniemano w Pradze, w sprawie kwestii słowackich aspiracji niepodległościowych. W czasie nocnego spotkania z 14 na 15 marca 1939, w czasie którego zasłabł, Adolf Hitler i Hermann Göring zagrozili mu zmasowanymi bombardowaniami Pragi. Zmuszono go w ten sposób do podpisania dokumentu akceptującego inkorporację Czech i Moraw do Niemiec, nie dając mu przy tym możliwości konsultacji w tej sprawie z parlamentem.