Wiek XVIII przyniósł Lipnicy Małej i Orawie ponowny wzrost zaludnienia jak i też bezsprzeczne zwycięstwo katolicyzmu w tym regionie. Na Górnej Orawie istniała wtedy jedna parafia katolicka w Orawce, ale w krótkim czasie powstały nowe, między innymi w Jabłonce i Lipnicy Wielkiej. Lipnica Mała do 1919 r. podlegała parafii w Lipnicy Wielkiej. Własnej parafii Małolipnicznie doczekali się dopiero w roku 1919, a jej pierwszym proboszczem został ks. Marcin Jabłoński. Sam budynek kościoła powstał dużo wcześniej bo w połowie XIX w., w wyniku rozbudowy kaplicy pochodzącej z 1800 r. Patronem został król Węgier św. Stefan, którego kult na nowo odżył pod koniec XVIII w., po odnalezieniu jego relikwii w Dubrowniku.
W Lipnicy Małej w XIX w. spotykamy te same problemy, jakie wystąpiły na całej Górnej Orawie. Ziemia orawska była niezbyt urodzajna, a klimat nie sprzyjał uprawie roli, z której żyła większość mieszkańców. Hodowla, drobne rzemiosło i dorywcze prace na budowach nie zmieniły tej niekorzystnej sytuacji. Nastąpiło przeludnienie, pojawiły się epidemie chorób (szczególnie cholera) i głód. W związku z tym wielu mieszkańców udało się „za chlebem”, początkowo na Węgry, a później do Ameryki. Największa fala emigracji miała miejsce w latach 1880–1914.