Gwałtowny wzrost ludności miał także negatywne skutki, ponieważ spowodował wzrost powinności poddańczych, po zakończeniu „wolnizny”. Były one dość uciążliwe, szczególnie dla sołtysów, którzy z racji sprawowanej funkcji i posiadanej ziemi ponosili największe koszty na rzecz Zamku Orawskiego. Niemniej jednak mieszkańcom Lipnicy Małej i całej Górnej Orawy powodziło się nieźle jak na ówczesne czasy.

Sytuacja zmieniła się całkowicie w połowie XVII w., wraz z rozpoczęciem wojen religijnych. Dochodzi wówczas do bratobójczych walk między ludnością Orawy. Większość Górnoorawian razem z sołtysami opowiedziała się za katolicyzmem. Jedynie sołtys Lipnicy Małej Stanisław Kral sprzyjał protestanckim właścicielom Zamku Orawskiego.

Walki religijne, a potem niszczycielski przemarsz wojsk litewskich spieszących pod Wiedeń doprowadziły do dużych zniszczeń i wyludnienia wielu orawskich wsi, w tym także Lipnicy Małej. Andrej Kawuljak podaje, że wskutek wojen w XVII w. liczba ludności Orawy zmniejszyła się o około 70 procent.