Niedostępne poznaniu są też podstawowe pojęcia, za pomocą których opisuje się rzeczywistość (przestrzeń, czas, materia, ruch).
W filozofii, jego myśl spotkała się z szeroko zakrojoną krytyką na początku XX w., szczególnie ze strony pragmatyzmu (który również odwoływał się do idei ewolucji, ale rozumianej w zupełnie inny sposób), Bergsona czy George’a Edwarda Moore’a. Ewolucjonizm Herberta Spencera miał też istotny wpływ na poglądy filozofów medycyny, utożsamianych ze „starszą” polską szkołą filozofii medycynyJ. Zamojski, Dlaczego wciąż warto badać polską myśl filozoficzno-lekarską, (w:) Polska szkoła filozofii medycyny. Przedstawiciele i wybrane teksty źródłowe, pod redakcją Michała Musielaka i Jana Zamojskiego, Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu Medycznego im. K. Marcinkowskiego w Poznaniu, Poznań 2010, s. 11..
Etyka Etyka Spencera ma charakter ewolucjonistyczny i utylitarystyczny. Jest to rodzaje świeckiej etyki naturalistycznej, starającej się ustanawiać twierdzenia (wartości i prawa moralne) w oparciu o naukowe twierdzenia ewolucyjne. Jego głównym przedmiotem zainteresowania było to, w jaki sposób ewolucja powoduje powstanie liberalno-utylitarnego poczucia sprawiedliwości.