W biologii upowszechniło się także stworzone przez niego pojęcie „przetrwania najsilniejszych” (survival of the fittest), wcześniejsze od prac Darwina i popularniejsze niż Darwinowski „dobór naturalny” (natural selection).
Choć początkowo teorie Spencera i Darwina traktowano jako zbliżone, to z czasem naukowe idee Spencera zostały odrzucone jako błędne. Znacznie dłużej utrzymał się wpływ Spencera na nauki społeczne, etykę i myśl polityczną.
Filozofia thumb|Sypialnia i studio w mieszkaniu Spencera. Podstawy systemu Spencera zostały przedstawione w First Principles (1862). Tezy tam zawarte przedstawione były w postaci spekulatywnej fizyki (charakterystycznej dla połowy XIX w.), w dużej mierze miały jednak charakter metafizycznych twierdzeń, dla których cały późniejszy system był jedynie ilustracją i uszczegółowieniem.
Główną zasadą filozofii Spencera jest ewolucja, kierująca rozwojem nie tylko życia, ale również materii nieorganicznej, od najprostszych jej postaci poprzez formowanie się planet (ewolucja kosmiczna), aż do powstania życia i takich instytucji społecznych jak język czy religia.